Esta área se declaró mediante la Resolución No. 008 del 17 de agosto de 1941.
En la RFPN de Yotoco se registran dos (2) ecosistemas.
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Bosque medio húmedo en montaña fluvio-gravitacional (BOMHUMH): Este ecosistema forma parte del Orobioma Bajo de los Andes. En la Reserva, representa el área más extensa, con un 87,0% (1.057,6 ha).
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Arbustales y matorrales medio muy seco en montaña fluvio-gravitacional (AMMMSMH): Los AMMMSMH pertenecen al Orobioma Azonal, anteriormente conocido como bosque o enclave subxerofítico. Estos ecosistemas forman parte de una de las dos zonas secas del piedemonte oriental de la Cordillera Occidental. En la Reserva, cubren un 13,0% del territorio total (157,5 ha).
Biodiversidad
La riqueza florística en los bosques naturales densos de la Reserva está representada por 400 especies de plantas, distribuidas en 84 familias botánicas, que incluyen árboles, arbustos, lianas y plantas herbáceas como bejucos, helechos herbáceos y plantas epífitas. En cuanto a la diversidad de anfibios, se registraron un total de 19 especies, distribuidas en seis familias y dos órdenes. En relación al grupo de reptiles, se identificaron 29 especies pertenecientes a seis familias y un solo orden. La diversidad de aves encontrada en la zona fue la más alta de todos los grupos biológicos estudiados, con un total de 329 especies, distribuidas en 52 familias y 20 órdenes. Por último, en cuanto a los mamíferos, se ha registrado un total de 81 especies que representan ocho órdenes y 24 familias.
Fuentes hídricas asociadas
La Reserva Forestal Protectora Nacional de Yotoco se encuentra totalmente ubicada dentro de la cuenca hidrográfica del Río Yotoco, abarcando un área de 1.177 hectáreas. Entre las principales fuentes hídricas de la Reserva se destacan el Río Yotoco y la Quebrada El Negrito, que conservan sus nombres en el interior de la reserva. El Río Yotoco es la mayor área de drenaje en la Reserva, ocupando 944,2 hectáreas (80%), mientras que las restantes 232,8 hectáreas (20%) corresponden a la quebrada El Negrito.
Aspectos sobre el manejo
Cuenta con plan de manejo adoptado y tiene un comité interinstitucional para manejo, integrado por diferentes actores como ONGs, Comunidad e Institucionales.
Ubicación
La Reserva Forestal Protectora Nacional (RFPN) Guagualitos- El Negrito se ubica en el municipio de Yotoco con , formando parte de la Dirección Ambiental Regional (DAR) Centro Sur y de la Unidad de Gestión de Cuencas (UGC) de Yotoco-Mediacanoa-Riofrío-Piedras.