Los espacios de participación social y comunitaria del SIDAP Valle se organizan en ocho mesas locales (según la jurisdicción administrativa de la CVC) y una Mesa Departamental. El SIDAP Valle cuenta con una Secretaría Técnica que es coordinada por la CVC como autoridad ambiental del departamento, en cabeza de la Dirección Técnica Ambiental. La CVC comparte la Secretaría con Parques Nacionales en cabeza de las direcciones territoriales Andes Occidentales y Pacífico.
También son espacios de participación del SIDAP Valle, los procesos locales expresados en los Comités para el manejo de las áreas protegidas del Sistema y los escenarios de participación creados en los municipios alrededor de los Sistemas Municipales de Áreas Protegidas, SIMAPs. Estos espacios tienen como escenario de encuentro las mesas locales del SIDAP Valle. Igualmente son escenarios del SIDAP Valle, los espacios de los Sistemas Regionales de Áreas Protegidas (SIRAP Eje Cafetero, SIRAP Macizo y SIRAP Pacífico).